二十五日，蔡元培一行到达北京。袁世凯用极高的礼节，打开正阳门，举行隆重欢迎仪式。下午，蔡元培一见袁世凯，就递交出孙中山请其就职的手书及参议院的选其为临时大总统的选举状。恳请其尽速南下就职。
当晚，袁世凯委派外务部首领胡惟德举行盛大宴会招待。
二十七日，袁世凯邀请蔡元培一行人举行坐谈会，在谈到去南京就职一事时，他表示，现在他正在处理手头上的一些事，等这些事有了眉目后，他将尽快去南京。态度很好，不在坚持不离开北京了。
蔡元陪等人对袁世凯的态度，很满意，也给予了称赞和肯定。
事情已经到了这一步，袁世凯不能再坚称不离开北京了。中山先生说了，袁世凯一天不到南京就职，他就一天不交出中华民国临时大总统的职务。任命袁世凯为临时大总统的参议院也在南京，如果参议院因袁世凯迟迟不去南京就职，做出新的任命，不是很麻烦吗？人家这么多人，兴师动众的来接你，你有再多的理由，也不能一口回绝呀！
按照北京行政当局的安排，为庆祝结束帝制，中华民国的诞生，也为了欢迎迎接使团，北京要连续三天举行庆祝活动，晚上还要提灯游行。
但是，就在庆祝活动进行的第二天，北京响起了枪炮声。
开始，人们误以为是庆祝礼炮，但很快发现是兵变。
一九一二年二月二十九日（阴历正月十二日）晚六时，第三镇兵一部炮、淄两营因扣饷事溃变。变乱先由驻扎朝阳门（也叫齐化门）的第九标之炮队引起，随后驻于禄米仓的辎重队、帅府原煤炸胡同东城土地庙驻军纷纷与之呼应，起兵作乱。
炮队先在朝阳门外为乱，而后炮击强行进入朝阳门，辎重队在城内与之配合，打开城门，两队汇合后向西行进，一路毁坏民居，劫掠无数。
当晚亥时初（2100多）乱军至专使团居处，直言只索要财物，蔡元培等立即避去。下半夜西城、北城也发生骚乱，土匪和部分巡警加入抢劫。
这晚兵变的结果是商民遭抢劫者四千余家，京奉、京汉铁路局，大清、交通、直隶三银行以及制币厂亦遭劫掠，损失白银九百多万两。专使住所被洗劫一空。蔡元培等人避入东交民巷内的六国饭店，仅以身免。
这场兵变，发生的时间节点太过蹊跷，很容易使人想到是有人刻意组织、安排，目的就是阻止袁世凯离开北京。因为兵变的士兵高喊的口号就是“宫保走了，没人管我们了”。用这样伤天害礼的无耻，卑鄙的手段，实现袁世凯不去南京就任的目的，可谓骇人听闻。
大多数人说，这场兵变是袁世凯一手策划的。因为，举行兵变的是袁世凯专门调到京城保护他的曹锟的北洋三镇。
兵变发生后，有人曾见，曹锟到袁世凯这里报功。也没管有没有外人在，见面就叫嚷“报告大总统，昨晚奉大总统的密令，兵变之事，已办到矣。”
袁世凯气得大骂曹锟“胡说！滚出去！”
兵变把北京破坏成那个样子，给老百姓带来那样的浩劫，兵变后没追究任何人的责任，也没处罚过任何人。管理社会治安的警察部队都躲了起来，陆建章的军法执行处也没有任何作为。人们怀疑是袁世凯策划，当然理由充分。
也有人认为，这是袁世凯的长子袁克定，背着袁世凯，打着袁世凯的旗号，串通曹锟所为。
持这种观点的人，主要理由是蔡元培来北京后，耳闻目睹了很多情况后，经过他们的从中斡旋，南京方面已经不再坚持，一定要把临时首都放在南京了。
已经让步到，袁世凯只要去一次南京，在参议院宣誓就职就可以了。去南京一次，不是再容易不过的事，袁世凯没有必要搞什么兵变。
他们的另一个理由是，袁世
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