渭，兵司司马花雪下，吏司司士黄阿有，户司司士高因厚。
另设太医署，命许仪后为太医署太医令，建医学院推行医术，救治臣民。三院一司都将建学院授学，培养人才。殿前禁卫仪仗设三军：御林军、禁卫军、虎贲军，命秦勇为御林军指挥，王旭为禁卫军指挥，刘雄为虎贲军指挥。
军队征兵制分募兵制、府兵制、民兵制，募兵为正规驻军，负责驻守边境及镇守各地。府兵平时耕种操练，战时出征。民兵平时耕种，农闲操练，战时出征。
军务院治州县，统管驻军、边军。政务院治府县，统管府兵。法务院治州府县刑法，统管民兵、官差。监察司监察州府县文武，监察官民军队。军务院驻军边、军兵力定额十五万，政务院府兵兵力定额十万，法务院民兵、官差兵力定额十万。
军队编制改编如下：水师改编为海军，陆师改编为陆军，炮营改编为炮军，特战团改编为特战营。海军下辖东洋海军、南洋海军，东海海军，每支海军下设三大编队。
东洋海军督军赵有麟，提督木忠海，军长何崇奇，分别统率第一、二、三编队，分别驻守海东城、瀛州府、北都九州府。
南洋海军督军王安海，提督萧浪，军长陈阿靖。分别统率第一、二、三编队，分别驻守海市府、古晋府、椰城府。东海海军督军陈阿信，提督陆启航，军长黄阿旺，分别统率第一、二、三编队，分别驻守基隆县、仁川县、台湾县。
海军兵力定额为十万，设督军、提督、军长各一人，海军以下设三编队，每支编队兵力定额一万人，包括陆战队，设督师、师长、参将各一人。另设补给编队一万人，编队以下设三舰队，每支舰队三千三百人，设游击、守备、千总各一人。
舰队以下设三大队，每大队一千人，设旅帅、旅长、把总各一人，大队以下设三分队，每分队三百三十人，设队长、队正、总旗各一人。分队下设三小队，每小队一百人，设小队长、小队正、小旗各一人。小队下设三班，每班三十人，设班长、班头、班副各一人，班下设三组，每组十人，设组长、副组长、小组长各一人。
陆军驻军分别设：南山、谷山、忠州、瀛州、本州、九州、西贡、古晋、汉山、爪哇十大营，陆军兵力定额为二十万，分别设八大战区：平壤战区、九州战区、瀛州战区、中都战区、爪哇战区、海市战区、勃泥战区、西贡战区。
平壤战区督军沈有容，九州战区督军王阿忠，瀛州战区督军骆尚志，中都战区督军陈冲，爪哇战区督军张那督，海市战区督军刘庆，渤泥战区督军童龙，西贡战区督军刘忠信。
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