乌江兵败，各路明军将领心生恐惧，纷纷请求撤退，遭到张位严厉责备。监军李化龙接到举报水西帮助杨应龙，张位派李化龙责问安疆臣，斩杀杨应龙的使者，水西安氏与播州杨氏断绝往来。
童元镇被逮捕后各路明军将领更加奋勇作战，刘綎率先攻取娄山关，李如松、李应祥也迅速攻取乌江以南播州下辖各司，开始准备渡过乌江，川贵总督邢玠接到刘綎攻取娄山遭到杨应龙大军反攻求援，忙抽调副总兵吴广、参将达云率两万大军火速增援娄山关，邢玠打算以娄山关为突破口攻入播州腹地。
杨应龙依靠西班牙兵及火炮击退刘綎后，又增调两万大军以火炮猛攻娄山关，刘綎率明军将士拼死坚守娄山关，等待援军赶来增援，娄山关成为双方大军激烈争夺的致胜目标。
播州军接连战败，贵州境内发起进攻的明军接连开始在乌江发起强攻，播州军依托乌江天险抵抗，明军渡江接连失败，播州军面临明军重兵围攻，兵力捉襟见肘，西面南面尚有险要山川关隘抵御，东北一带的石阡府、思南府成为明军突破口。
江南总兵朱文达由彭水出兵，携石柱土司马千乘、酉阳土司冉御龙率领三万余大军及土司兵经沿河攻入务川，协同参将万邦孚渡江攻取思南府，随即出兵攻下龙泉，对播州东部形成严重威胁。
总兵官董一奎趁机在石阡府渡江进攻播州乌江北岸余庆司，杨朝栋率三万余播州军迎战董一奎大军，董一奎得知播州军在山上埋伏，命参将吴惟忠用火炮攻打，播州军居高临下进攻，董一奎率兵攻杀上山，斩杀后退将士示众，明军将士奋勇作战，播州军大败而逃。数千明军趁胜追杀，遭到播州军埋伏战死。
贵州总兵李应祥也趁机率兵渡过乌江，同董一奎率五六万明军围攻败逃到余庆司城的杨朝栋，杨朝栋率两万余播州军突围不成拼死抵抗，遭到明军火炮猛轰，明军攻入余庆司城，播州将士纷纷跪地投降，杨朝栋在土司城堡中拼死抵抗战死。
总兵李应祥、董一奎、朱文达率兵接连击败播州军，深入播州境内，播州军节节败退，总兵李如松率三万余明军也从翁水安抚司渡江攻入播州腹地。
杨应龙率大军攻打娄山关不利，损失惨重，又接连接到乌江失守，长子杨朝栋战死，其余各路兵马也接连战败覆没，形势急剧恶化，危机重重。
杨应龙下令将播州城内钱粮尽数搬上龙岩囤，播州军将士家眷及城中百姓也带着上屯，打算依托龙岩囤与明军长期对峙作战，等待汉军北伐扭转时局，田一鹏已经带着出嫁联姻的杨贞瑞及杨应龙两个儿子趁着童元镇乌江兵败潜入贵州前往广东。
十余万播州军民撤退上龙岩囤死守，撒施洛、西加斯的加也率两千余西班牙残兵败将同播州军退守龙岩囤上，同时还将所有火炮也搬运上龙岩囤据守山城。
九路明军接连不断杀到播州城，开始修筑长围围困海龙囤上的十余万播州军民，明军随后开始对龙岩囤展开轮番火炮进攻，播州军也在龙岩屯上发炮反击，仰攻的明军死伤更多。
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